明天啟4年（1624），荷蘭人開始統治台灣， 共歷38年 。1644年 將丘全 島分成四區，嘉義市納入「北部地方會議區」的行政區劃。

明永 曆 15年（1661），鄭成功打敗荷蘭人而領有台灣， 設東都承 天府， 府下設天興與萬年二縣，嘉義市屬天興縣所轄 。

清康熙22年（1683），施 琅 打敗鄭克塽 ，隔年，台灣正式納入清朝版圖，隸屬福建省，設一府（台灣府），三縣（諸羅縣、台灣縣、鳳山縣），嘉義市即為當時的諸羅縣治所在。

乾隆51年（1786），林爽文事件，諸羅縣府被圍攻數月，賴軍民奮力固守而未被攻陷，清高宗為嘉獎 諸羅縣民 之義勇，次年（1787）賜名「嘉義」，此為台灣地名唯一由皇帝親賜之特例。

明治28年（1895）起，日本統治台灣達50年，首先將全台改為三縣 一 廳，嘉義改為台南縣嘉義支廳 ，明治30年（1897）日本政府再次變更行政區劃，將全省劃為六縣三廳， 廢支廳，嘉義支廳改為嘉義縣，於嘉義市設辦務署統轄嘉義縣，是為嘉義市繁榮的開始。

爾後又歷經多次變革，至大正9年（1920），日本政府大幅度改革地方行政區劃，把全省劃分為 五州 二廳四十七郡三市一五五街庄 ，嘉義市淪為台南州轄下的嘉義郡下的嘉義街。

民國34年（1945）台灣光復，國民政府就日治末期的 五州 三廳改為八縣，原有的 十一州轄市 改設為九省轄市和二個縣轄市，嘉義市為九省轄市中的三等省轄市。

民國39年（1950），行政院重新劃分全省行政區域，改為十六縣，五個省轄市，一個管理局，其中嘉義市由省轄市被降為縣轄市。至民國71年（1982），嘉義市升格回復為省轄市。

在荷蘭人佔領台灣之前，漢人在台灣早已相當活躍， 隨荷蘭人勢力範圍的擴大，漢人大量湧入嘉義，從荷蘭人留下的「 紅毛井 」、「紅毛 埤 」、「王田」等遺跡可知，當時已有若 干 田園的墾殖。

明鄭時代，鄭成功因急於軍食 ，採取寓兵於農的屯田制，在屯田地設營鎮 ， 日後乃漸形成聚落。

木竹城 ：清領台灣之後，即於康熙23年（1684）設置諸羅縣 ，但 縣署暫 在台南縣佳里鎮，康熙43年 （ 1704 ）知縣未永清奉文歸治，文武官員移歸諸羅山，這時才開始築城，「周圍 680丈，環以木柵，設東西南北四門」，雖是簡陋的木柵城，卻是當時一府三縣中最早建築的一座城柵。

土竹城 ：雍正元年（ 1723 ）知縣孫魯 倡 造土城，將 木竹城範圍 擴大，重設護城河。雍正五年（ 1727 ）知縣劉良璧重建門樓，並砌水涵，將城門命名為：東門－ 襟山 ，西門－ 帶海 ， 南門－崇陽 ，北門－ 拱辰 。

三合土城：乾隆51年（1786），林爽文事件發生後，清廷感於防禦工事的不足，遂加重建，「加高倍 厚」，「 城身內外皮俱包築三合灰土」。

磚石城：道光13年（1833）， 邑令單瑞龍與水師提督王得祿合力勸捐，修改用磚石砌築並增築月城 及砲台，並改四門名稱為：東門－迎春門，西門 －性義門 ，南門－ 阜財門 ，北門－拱 極 門。

日治時代以後，城池不但失去原本的防禦作用，且成為市街發展的障礙，所以日本政府對於毀壞的城垣不加修整，而任其傾 圮 。明治39年（ 1906 ）的大地震，使得嘉義城垣除東門城樓外全數坍塌，市街大半毀壞，於是嘉義街優先實施市區改正計劃，街道盡成棋盤狀，舊式城垣從此消失在時代的洪流中。